Câu chuyện xảy ra trong 400 năm sau của tương lai. Con người trải qua từ đời này đến đời khác, họ cứ thế sinh tồn mà không biết rằng trong cái thế giới đen tối mà họ đang ở bị sự thống trị của Bregana. Nữ nhân vật chính của phim là Aeon Flux, một nữ chiến sĩ có siêu năng lực. Aeon Flux đã khám phá ra một bí mật của thế giới và được giao nhiệm vụ tiêu diệt những kẻ cầm quyền thống trị...